هیأت رئیسه دومین رکن اجرایی دانشگاه و مرکب از رئیس و معاونان دانشگاه می‌باشد که وظایف و اختیارات زیر را بر عهده دارد:
• فراهم کردن زمینه‌های اجرایی مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی و آیین‌نامه‌ها و بخشنامه‌های صادره از طرف وزارت علوم، تحقیقات و فناوری
• تعیین خط‌مشی اجرایی دانشگاه و فراهم نمودن زمینه اجرایی برنامه‌های کلان دانشگاه
• بررسی برنامه‌ها، طرح‌ها و پیشنهادات بر اساس آیین‌نامه جهت ارجاع و تصویب به هیأت امنا • بررسی بودجه سالانه دانشگاه جهت ارجاع و تصویب به هیأت امنا
• بررسی طرح‌ها و برنامه‌های پیشنهادی آموزشی و پژوهشی از قبیل پذیرش دانشجو بر اساس امکانات دانشگاه، توزیع و تخصیص فرصت‌های مطالعاتی و دوره‌های کوتاه مدت آموزشی داخل و خارج
• بررسی و تصویب طرح‌ها و پیشنهادها در زمینه بهبود و اصلاح ساختار سازمانی و شرح وظایف
• بررسی و ارزیابی نحوه اجرای تصمیمات هیأت امناء و نظارت بر عملکرد واحدهای مختلف
اعضای هیأت رئیسه
• دکتر احمد فتاحی اردکانی (رئیس دانشگاه)
• دکتر حسین غفوری چرخابی  (رئیس دفتر ریاست، روابط عمومی و امور بین‌الملل)
• دکتر بهزاد کفاش (معاون آموزشی و پژوهشی)
• دکتر مجید صادقی‌نیا (معاون اداری و مالی)
• دکتر ابوالفضل عزیزیان(معاون دانشجویی و فرهنگی)